Van oudsher was de voornaamste activiteit van Fometro de strijd tegen de Slaapziekte, of Menselijke Trypanosomiase. Deze ziekte, overgedragen door de tseetsee-vlieg en fataal zonder behandeling, komt vooral voor in Centraal Afrika. De strijd bestaat uit het actief opsporen door gespecialiseerde equipes van de besmette personen, die dan behandeld worden met zware medicatie.
Momenteel is Fometro belast met de strijd tegen de ziekte in Zuid-Maniema, Sankuru en Noord-Katanga.

Daarnaast heeft Fometro steeds getracht de structuren en het personeel van de basisgezondheidszorg te ondersteunen. De operationele eenheid van dit systeem is de " Zone de Santé ". Op een gegeven moment beheerde Fometro een 40-tal Zones de Santé. : Momenteel zijn dat er nog een zestal, met als bedoeling de strijd tegen de grote ziektes te integreren in de basisgezondheidszorg.

Sinds 2001 legt Fometro zich in DRC actief toe op de strijd tegen HIV/AIDS en dat op het gehele grondgebied.

• labodiagnose en bloedonderzoeken
• opleiding van het personeel en ter beschikking stellen van medicamenten en reagentia voor:
• diagnose en behandeling van opportunistische infecties
• diagnose en behandeling van sexueel overdraagbare aandoeningen
• behandeling van patiënten met generische anti-retrovirale middelen (in opstartfaze)

Fometro is actief lid van Coprogram, Acodev en Because Health.